Klub założono 19 grudnia 1909 roku. Grupa młodych zawodników przykościelnego zespołu piłkarskiego Trinity Youth po kłótni z prowadzącymi klub księżmi spotkała się w dortmundzkiej piwiarni Zum Wildschütz i powołała nowy twór sportowy klub Ballspiel - Verein Borussia 1909 Dortmund. Nazwa Borussia po łacińsku oznacza Prusy, a nazwę swą zawdzięczała pobliskiemu browarowi. Początkowo klub grał w niebiesko-białych strojach z czerwoną szarfą, czerwonymi skarpetkami i czarnymi spodenkami. Skład kadry Borussii Dortmund na dzień 19 grudnia 1909r.: Heinrich Cleve, Franz Braun, Paul Braun, Hans Debest, Paul Dziendziella, Franz Jacobi, Julius Jacobi, Wilhelm Jacobi, Hans Kahn, Gustav Müller, Franz Risse, Fritz Schulte, Hans Siebold, August Tönnesmann, Heinrich Unger, Fritz Weber, Franz Wendt i Robert Unger.
W niedzielę 19 czerwca 1910 roku ma miejsce posiedzenie zarządu związku, w hotelu Lünenschloß. Podczas spotkania dochodzi do połączenia trzech zespołów Ballspiel - Verein Borussia 1909 Dortmund, Britannia Dortmund i Rhenania Dortmund i utworzenia jednego tworu, którego pełna nazwa brzmiała Ballspiel Verein Borussia Dortmund. Kolory stroju, w którym zespół Borussii gra do dzisiejszego dnia, zostały przyjęte jako oficjalne 14 lutego 1913 roku.
W ciągu kolejnej dekady klub odnosił sukcesy jedynie w lokalnej lidze. W 1929 był bliski bankructwa, po tym jak próbowano podpisać kilka profesjonalnych kontraktów i znacznie przekroczono budżet. Lata 30. rozpoczęły się od przejęcia władzy w Niemczech przez nazistów. Wszystkie kluby sportowe miały obowiązek podporządkowania się władzy, więc gdy ówczesny prezydent klubu August Busse odmówił dołączenia do partii, został odsunięty od klubu. Po roku banicji powrócił i zakorzeniał wśród piłkarzy, działaczy i kibiców Borussii antynazistowskie myślenie. Pod koniec wojny rozprowadzał wraz z innymi działaczami broszury antyhitlerowskie. Tymczasem klub awansował do wyższej ligi, jednak z powodu rozpoczęcia drugiej wojny światowej został zlikwidowany przez nazistów. Po zakończeniu wojny w Dortmundzie tworzy się zespół o nazwie SG Borussia 1898 Dortmund, a w kilka dni później następuje przemianowanie na obecną nazwę klubu: Ballspielverein Borussia von 1909 e.V. Dortmund. W 1949 roku Borussia gra pierwszy mecz w lidze narodowej, przegrywając 2:3 z VfR Mannheim. W 1956 wygrywają po raz pierwszy ligę, rok później powtarzając swój wyczyn. W 1963 roku wygrywają trzeci raz ligę, po raz ostatni rozgrywaną w dotychczasowej formule. W międzyczasie wygrywają po raz pierwszy Puchar Niemiec. Dominacja w tej części Europy przełomu lat 50. i 60. została potwierdzona w 1966 roku, gdy Borussia wygrała Puchar Zdobywców Pucharów, czyli poprzednik Pucharu UEFA.
W 1962 roku założono w pełni profesjonalną ligę niemiecką - Bundesligę. Borussia była wśród klubów-założycieli, jednak nie odniosła sukcesu w pierwszych rozgrywkach. Pierwszą bramkę na boiskach Bundesligi zdobył gracz Borussii, legendarny Friedhelm Timo Konietzka. Lata 70. przynoszą nowe problemy finansowe i pierwszy spadek z ligi (1972). W 1974 otwarto Westfalenstadion, na którym rozgrywano mecze MŚ 1974. Dwa lata później Borussia powraca do Bundesligi. Lata 80. to okres ogromnego zadłużenia klubu i obrony przed spadkiem. W 1986 Borussia była najbliżej drugiej relegacji, jednak we wspaniały sposób wygrała 8-0 z Fortuną Kolonia i utrzymała się w lidze. W 1989 roku Borussia po raz drugi wygrywa Puchar Niemiec, po tym sukcesie nadszedł czas na spłacenie długów, co pozwoliło BVB zakupić nowych graczy i trenera. Został nim Ottmar Hitzfeld. W 1995 i 1996 Borussia wygrywa Bundesligę, a jej piłkarz (Matthias Sammer) zostaje wybrany najlepszym graczem Europy. W 1997 odnosi swój jak dotychczas największy sukces, wygrywając w Lidze Mistrzów, a następnie zdobywając Puchar Interkontynentalny.
Po ogromnych sukcesach lat 90. Borussia zaczęła grać słabiej. Klub nie potrafił nawet zbliżyć się do osiągnięć z lat 90. Zarząd postanowił wydawać większe pieniądze na nowych, ale kosztownych zawodników. W 2002 roku Borussia zdobyła ostatnie jak do tej pory Mistrzostwo Niemiec. W tym samym roku BVB doszła do finału Pucharu UEFA, gdzie przegrała z prowadzonym przez Berta van Marwijka (późniejszego trenera BVB) Feyenoordem Rotterdam. Zła polityka finansowa klubu doprowadziła jednak po raz kolejny do ogromnego długu, co zakończyło się sprzedażą stadionu, wyprzedażą czołowych zawodników i w końcu wejściem na giełdę. Tym samym BVB stało się pierwszym niemieckim klubem na giełdzie. W 2005 Borussia o mało nie zbankrutowała, jednak szybkie zmiany w zarządzie (wymiana Gerda Niebauma na Reinharda Rauballa na stanowisku prezydenta klubu) doprowadziły w ciągu dwóch lat do spłacenia 80% długu. Pod koniec 2006 roku Borussia wykupiła stadion i rozpoczęła przebudowę drużyny, co poskutkowało niską pozycją po zakończeniu sezonu. Sezon 2007 pod wodzą Thomasa Dolla także nie był najlepszy. BVB zagrało co prawda w finale Pucharu Niemiec, ale przegrało w nim z Bayernem, zapewniając sobie awans do PUEFA.
Od lata 2008 roku trenerem jest Jürgen Klopp, który w swoim pierwszym sezonie na Signal Iduna Park zdobył z BVB Superpuchar Niemiec, wygrywając z Bayernem 2:1. Praca byłego szkoleniowca FSV Mainz jest bardzo ceniona w Dortmundzie. Pod wodzą Kloppa, Borussia wreszcie odzyskała dawny blask i znów zaliczana jest do ścisłej krajowej czołówki. Tajemnicą szybkiego powrotu drużyny do grona najlepszych jest przede wszystkim bardzo rozsądna polityka transferowa. Do klubu trafiają przede wszystkim młodzi, mało znani zawodnicy, którzy z czasem wyrastają na gwiazdy ligi. W sezonie 2009/10 BVB zajęło 5 miejsce w lidze i otrzymało szansę gry w europejskich pucharach. Borussen w drodze do fazy grupowej Ligi Europejskiej nie dali najmniejszych szans azerskiemu Karabachowi Agdam, wygrywając dwumecz 5:0. Przygoda Dortmundczyków z europejską piłką nie trwała jednak zbyt długo. Młody zespół Borussii, mimo że był jednym z faworytów do awansu do dalszej fazy rozgrywek zajął trzecie miejsce w swojej grupie (do dalszej kolejnej rundy awansowało PSG i Sevilla). Kibice BVB szybko pogodzili się z pożegnaniem ich zawodników z Ligą Europejską za sprawą ich świetnej gry w Bundeslidze. Po rundzie jesiennej Borussia zajmowała pierwsze miejsce w tabeli, co spowodowało, że w Dortmundzie dość nieoczekiwanie zaczęto myśleć o mistrzostwie. Zastanawiano się, czy zespół złożony w większości z bardzo młodych zawodników jest w stanie wytrzymać takie tempo do końca sezonu. Ostatecznie BVB stanęło na wysokości zadania i po 9-letniej przerwie, klub zdobył siódme w historii mistrzostwo, zostając przy tym najmłodszym zespołem, który sięgnął po najcenniejsze trofeum w Niemczech. Przed sezonem nikt nie wierzył, że ekipa z Dortmundu będzie w stanie zdominować rozgrywki Bundesligi. Szczytem marzeń miał być awans do europejskich pucharów. Rzeczywistość okazała się inna, Borussia zaliczyła fantastyczny sezon, a wielu ekspertów uważa to za największe osiągnięcie w historii klubu. Dortmundczycy udowodnili bowiem, że na boisku nie grają tylko pieniądze.
Sezon 2011/2012 miał przywrócić starą hierarchię w Bundeslidze. Po zakontraktowaniu m.in. Manuela Neuera, Jeromea Boatenga i Toniego Kroosa, Bawarczycy byli zdecydowanymi faworytami w walce o niemiecką paterę. Rzeczywistość okazała się dla nich jednak bardzo brutalna. Dortmundczycy po słabszej rundzie jesiennej, w której plasowali się za plecami Bayernu, rozpoczęli mistrzowski marsz i zdobyli 47 punktów w 17 kolejkach na wiosnę. Dzięki świetnej postawie w Bundeslidze i Pucharze Niemiec, fani Borussii zapomnieli o niepowodzeniu swojego ukochanego klubu w Lidze Mistrzów. W swoim pierwszym sezonie od niespełna 10 lat, BVB zajęło ostatnie miejsce w grupie (z Arsenalem, Olympiakosem i Marsylią). Triumf w finale DFB-Pokal z Bayernem Monachium (5:2) był wisienką na torcie w historycznym sezonie Borussii Dortmund - pod wodzą Jürgena Kloppa duma Westfalii po raz pierwszy w historii klubu sięgnęła po dublet.
Kolejny sezon w wykonaniu Borussii Dortmund znacznie różnił się od poprzednich, ale nie pod względem futbolu prezentowanego przez podopiecznych Kloppa. Tym razem klub z Zagłębia Ruhry musiał uznać wyższość Bayernu Monachium na krajowym podwórku. W przeciwieństwie do poprzednich lat, Borussen w wielkim stylu przechodzili kolejne fazy rozgrywek Ligi Mistrzów. Za wielką sensację uznano awans Dortmundu z pierwszego miejsca z grupy śmierci (Real Madryt, Manchester City, Ajax Amsterdam). W 1/8 fnału ówcześni mistrzowie Niemiec nie dali żadnych szans Szachtarowi Donieck (2:2, 3:0). Na zawsze w pamięci kibiców pozostanie ćwierćfinałowe starcie z Malagą (0:0, 3:2), kiedy to podopieczni Kloppa w kilka minut odrobili dwubramkową stratę i w dramatycznych okolicznościach zameldowali się w półfinale. Tam na młody zespół czekał już żądny rewanżu Real Madryt. Spotkanie w Dortmundzie (4:1) należało jednak do Roberta Lewandowskiego. Cztery bramki reprezentanta Polski zapewniły Borussii świetną zaliczkę przed rewanżem. W Madrycie Królewscy rzucili się na Borussię, ale spotkanie zakończyło się wynikiem niepremiującym Królewskich awansem do dalszej fazy rozrywek (2:0). W wielkim finale Borussia Dortmund uległa Bayernowi Monachium 1:2. Emocjonujące starcie rozstrzygnął w końcowych fragmentach meczu Arjen Robben. Pomimo braku trofeów, kibice czarno-żółtych mieli prawo być być zadowoleni z postawy swojego ukochanego klubu, który na dobre przystał do europejskiej czołówki.
W 2014 roku drużyna Kloppa znalazła się w dużym dołku. Po rundzie jesiennej czarno-żółci zajmowali przedostatnie miejsce w ligowej tabeli. Można domyśleć się więc, że święta Bożego Narodzenia w domach fanów BVB nie były przesadnie radosne. Zwłaszcza, że widmo spadku w kontekście bezradności Borussen wcale nie wydawało się być odległe o lata świetlne dla drużyny, które jeszcze kilka miesięcy wcześniej walczyła jak równy z równym z Realem Madryt w Lidze Mistrzów. Ostatecznie sztab szkoleniowy w trakcie przerwy zimowej zdołał postawić drużynę na nogi i po serii zwycięstw Borussia wydostała się ze strefy spadkowej.
Wygrana 3:0 w derbach z FC Schalke 04 okazała się być najpiękniejszym momentem fatalnego sezonu. Kilka tygodni przed końcem rozgrywek o swoim odejściu z Dortmundu poinformował Klopp. Zwieńczeniem fantastycznej siedmioletniej przygody miało być zwycięstwo w finale Pucharu Niemiec z Wolfsburgiem. Niestety ta sztuka zawodnikom Borussii się nie udała - klub z Zagłębia Ruhry musiał uznać wyższość świetnie dysponowanej w tym sezonie ekipy Wilków. Klopp po kilkumiesięcznej przerwie zdecydował się na pracę w angielskiej Premier League i przejął pogrążony w kryzysie Liverpool FC.
Tymczasem w Dortmundzie rozpoczęła się nowa era. Choć wielu fanów nie wyobrażało sobie przyszłości drużyny bez legendarnego szkoleniowca, serca dortmundzkich fanów szybko skradł Thomas Tuchel. Były szkoleniowiec FSV Mainz wprowadził do ekipy byłego mistrza Niemiec dużo świeżości, a nowe elementy taktyczne sprawiły, że Borussia nie dawała szans kolejnym rywalom i ostatecznie na koniec sezonu uznała wyższość tylko niezwykle rzadko tracącego punkty Bayernu Monachium. Ważnym celem podopiecznych Tuchela na sezon 2015/16 było zwycięstwo w Lidze Europy. W ćwierćfinale znanych rozgrywek Borussia trafiła na prowadzony przez Kloppa Liverpool. Po remisie na Westfalenstadion, nic nie zapowiadało katastrofy, która miała miejsce w meczu rewanżowym na Anfield. Pomimo prowadzenia 2:0 i 3:1, wicemistrzowie Niemiec w końcówce meczu w dramatycznych okolicznościach stracili trzy bramki i awans Liverpoolu stał się faktem. Na kibiców Dortmundu czekała więc kolejna gorzka pigułka do przełknięcia. Nadzieja na zdobycie trofeum została odłożona na 21 maja 2016 roku. Wówczas Borussia Dortmund spotkała się w finale Pucharu Niemiec z Bayernem Monachium. Po emocjonujących 120 minutach gry, o sukcesie jednej z drużyn zadecydował konkurs rzutów karnych. W nim lepsi okazali się Bawarczycy - Manuel Neuer obronił strzały Bendera i Sokratisa. Borussia zakończyła więc sezon 2015/16 z pustymi rękoma.
Sezon 2016/18 okazał się dla Borussii Dortmund bardzo trudny. Co prawda Dortmundczycy zajęli wysokie, trzecie miejsce w Bundeslidze i triumfowali w Pucharze Niemiec, ale w między czasie musieli borykać się z naprawdę sporymi problemami. 11 kwietnia 2017 roku przed spotkaniem ćwierćfinału Ligi Mistrzów z AS Monaco, zawodnicy BVB stali się ofiarami zamachu terrorystycznego.
W drodze na stadion, w bezpośrednim otoczeniu klubowego autokaru doszło do eksplozji materiału wybuchowego. Na całe szczęście nikomu, za wyjątkiem Marca Bartry nic się nie stało. Hiszpan trafił do szpitala z dość poważnie wyglądającym urazem ręki. Zamach pozostawił spory wpływ na zawodnikach BVB, którzy ostatecznie pożegnali się z rozgrywkami Champions League, przgrywając oba spotkania z Francuzami.
Na kilka dni przed finałem Pucharu Niemiec z Eintrachtem Frankfurt, na światło dzienne wyszła informacja o konflikcie wewnątrz klubu. Miał on dotyczyć trenera Thomasa Tuchela, zarząd, a także kilku zawodników.
W finałowym spotkaniu Borussia pokonała Eintracht 2:1, a Thomas Tuchel opuścił Dortmund na rzecz Petera Bosza z Ajaksu Amsterdam.
